Строительство каменного здания

От этого набега значительно пострадала и Борисо-Глебская церковь. Через два года, как сказано в «выписи дозора Федора Соковнина Антонию архиепископу Резанскому»: «В слободе архиепископли в Переславле Резанском церковь каменная Бориса и Глеба развалилась». По Писцовым книгам XVII столетия, во Владычней слободе Переяславля Рязанского: «церковь пуста каменна развалилась, была во имя Бориса и Глеба».
В том же году рядом с развалинами старой церкви, по благословению архиепископа Иосифа III, возвели новую – деревянную, «клецки», то есть «клеткой». Причем развалины старой церкви продолжали стоять еще несколько лет. Вся утварь была взята из прежнего храма: «Образа, книги, ризы и колокола – все было прежних архиепископов строение домовое казенное». В верхней ее части был размещен придел во имя священномученика Автонома.
В 1685 году приступили к строительству четвертого по счету здания церкви. Поначалу задумали строить деревянный храм. Уже срубили четыре венца, но на следующий год их разобрали, так как решили возводить каменное здание с трапезой. Подряд получил выдающийся зодчий своего времени Яков Григорьевич Бухвостов «со товарищи». Начали строительство в 1686 году при митрополите Павле (Моравском), завершили в 1687 году при митрополите Авраамии (на домовую Архиерейскую казну). Известно, что «Лета 7194 (1686 г.) на Борисо-Глебскую, что в Переславле Рязанском на домовом посаде, церковь готовлен был каменный припас, а церковной от оной лес и четыре новой церкви венца свезены архиерейской вотчины в село Павловское» (из отписки казначейской к Преосвященному).
Спустя некоторое время к трапезной церкви с западной стороны была пристроена каменная колокольня. Таким образом, храм состоял из главной – «настоящей» – холодной церкви, трапезной и колокольни. Первая была освящена в честь святых благоверных князей Бориса и Глеба с приделом во имя Богоотец Иоакима и Анны. О размерах этой церкви можно судить по современному состоянию, так как площадь ее вплоть до наших дней не изменялась.
Трапезная имела один престол в честь пророка Божия Илии, просуществовавший до 1799 г. Он был устроен в память бывшей некогда поблизости деревянной Ильинской церкви. Об этом сохранилось свидетельство в «челобитной Переяславля Рязанского бывшия старинныя соборныя церкви св. благоверных князей Бориса и Глеба и разных церквей попов и диаконов с причетники и градских обывателей – разных чинов людей».