XV – XVI века

Для Рязанской земли пятнадцатое столетие было наполнено тревогами и опасностями. В течение его, по словам летописцев, на город было совершено не менее 15 значительных нашествий крымских татар. Рязанцы настолько привыкли к этим смертоносным ураганам, сметающим все на своем пути, что воспринимали их как неотъемлемую часть своего быта, и от повторяющихся в схожих выражениях описаний набегов веет ужасающей повседневностью: «приходиша татарове на Рязанския украйны и много зла сотворша, и отъидоша с полоном». Неоднократно в рукописях встречаются известия о полном разорении Рязанской земли: «...земля бысть пуста и огнем сожжена». Страдали не только люди и их жилища, но было разрушено и множество Божиих храмов.
Набеги продолжались и в последующее время.
В 1513 году татары во главе с царевичем Бурнаш-Гиреем, сыном Менгли-Гирея, напали на город, но смогли завладеть только Острогом. Он был разрушен до основания. Пострадал и кафедральный собор. В 1522 году назначенный в Рязань епископ Иона II нашел его в таком плачевном состоянии, что решил перенести архиерейскую кафедру в более защищенное место. Его выбор пал на Успенский собор (ныне – Христорождественский), расположенный за крепкими стенами кремля.
В это время кремль Переяславля Рязанского уже не был резиденцией великих Рязанских князей. Княжество вошло в состав Московского государства, а Рязанскими землями с 1521 года управляли московские наместники.
Борисо-Глебский собор, потеряв значение кафедрального, продолжал оставаться принадлежностью Архиерейского дома. В исторических источниках он называется «домовым ружным». Во все время существования храма Рязанские князья и владыки поддерживали его, вновь отстраивали; пользовались некоторой частью доходов.
Переселившись в кремль, владыка Иона не обошел вниманием разрушенный и разоренный прежний кафедральный собор. На его месте он возвел новое здание церкви. В сотной грамоте рязанских писцов епископу Филофею за 7076 (1568) год сказано: «...в городе Переславле...во Владычне слободе церковь Борис и Глеб каменна, поставленье Ионы владыки». Ввиду опасности обвалов церковь была немного перенесена от края берега Трубежа.